促產條例雖然已在98年底落日，但是依其規定，98年研發支出抵減剩餘部分，往後4年仍可抵減，在產業創新條例上路後的這段重疊期間，抵減上限為何，財政部迄今沒有定論也未發佈函釋。會計師認為，財政部應儘快決定抵減上限，以免業者與簽證會計師都無所適從。
依產創條例規定，企業適用研發支出抵減的總額，1年以100億元為上限。各企業為搶食這塊研發抵減的限額，紛紛委請簽證會計師研擬因應對策，並趕在今年12月31日前提出申請。但問題是，發生在促產條例與產創條例不同年度、適用不同條例時，抵減率與抵減上限為何，目前財政部迄今未加說明。在促產條例時代，企業研發支出費用投資抵減率為30％，超過前2年度支出平均數部分為50％，而抵減上限為當年度應納稅額的50％，如有剩餘可以在往後4年抵減，最後1年無抵減上限。
產創條例的規定大為不同，產創的抵減率為同一課稅年度內，得依15％抵減當年度應納營所稅額；抵減上限則是，不得超過當年度應納營所稅的30％為限。安永會計師事務所會計師周黎芳指出，現在爭議是，企業在98年才按促產條例申請抵減，如果沒產創條例，企業仍可按促產條在99年到103年期間，續將研發支出費用尚剩餘額，分年抵減。
如今產創條例上路，99年申請時，99年發生的部分，按產創條例可抵減上限為當年度應納稅額的30％；而98年申請獲准的投抵，在99年持續適用的部分，按舊法最高抵減率為50％，這將出現同1年度內企業因適用不同法律獲得總額達80％的抵減率（即30％加上50％），如此的適用抵減率，雖然都是該兩條例的合法規定，但是財政部能夠接受嗎？
周黎芳質疑，這是不可能被允許的。她說，企業都擔心100億的額度被別人捷足先登，因此各企業向各自的中央目的事業主管機關申請專案認定的審查，在明年2月到6月間，審查結果將陸續出爐，勢將成為企業矚目焦點。
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